厦门市中级人民法院内设19个职能处室和监察室、机关党委、法警支队。

1、干部处
负责机关机构设置、人员编制；负责机关各类人员的考录、调配、考核、任免、工资福利和离、退休审批等工作；负责机关技术职称评定管理、岗位责任目标管理工作；负责机关人事档案管理以及各项组织人事制度实施及其他日常人事管理工作。按照干部管理权限，协助地方党委管理各基层人民法院的领导班子和法官队伍；负责全市两级法官录用审核和有关管理工作；负责全市两级法院司法警察警衔评授和管理工作；协助地方主管部门做好基层法院机构编制管理工作；负责全市法院系统人事信息管理工作。
2、宣传教育处
负责本院宣传和新闻报道工作；指导基层人民法院宣传、新闻报道工作；协助管理《人民法院报》厦门记者站工作；负责全市两级法院的思想政治工作和宣传教育工作；负责基层人民法院院长和本院机关中层领导抓队伍建设责任状的组织工作；负责全市法院评先创优表彰活动；负责全市法院先进典型的管理与先进经验的推广工作。
3、秘书处
负责党组会议的会务；督办党组会议决定的事项；负责队伍建设重要材料的起草工作；协助院党组组织、协调、处理司法政务。
鉴于法院工作的特殊性，根据《中共中央关于进一步加强政法干部队伍建设的决定》(中发［1999］6号)和《中共中央关于加强和改进思想政治工作的若干意见》(中发［1999］17号)精神，设置市中级法院政治部，干部处、宣传教育处、秘书处由政治部管理。

4、机关党委
负责院机关党群工作。

5、监察室
市中级人民法院监察室与中共厦门市纪委驻市中级人民法院纪检组合署办公，按照《党章》和《行政监察法》履行职责。
6、办公室
负责重要文件、报告的起草；负责简报、情况反映、信息等的编辑；负责院长办公会议、院务会议的会务；督办院长办公会议决定的事项和领导批示交办的事项；负责与人大代表的联络工作；督促人大代表建议、意见和来信、政协委员提案的办理工作；负责机关公文处理、保密、密码、机要通信、院印章管理、文书印刷和收发工作；负责机关档案的收集、管理、利用，指导基层人民法院档案管理工作；指导基层人民法院办公室的工作。
办公室下设综合科、督查科。
7、司法行政装备管理处
负责本院各项经费和国有资产管理；负责本院机关行政事务管理工作；负责全市法院通讯、计算机网络、办公现代化等科学技术的规划和管理工作；负责全市法院装备工作；负责本院基本建设规划和计划，基建项目申请和组织、协调、实施工作；负责对全市法院财务、装备、诉讼费、“两庭”建设的调研和指导工作；负责各类会议的后勤保障工作。
司法行政装备管理处下设计财装备科、机关行政事务管理科。
8、研究室
负责调整、研究全市法院系统审判工作全局性方针、政策及重大理论问题，分析、掌握法院工作动态，总结推广法院工作经验，提出解决审判工作问题的建议，适用法律政策请示；办理审判委员会会务；组织指导全市两级法院调研工作；参与地方性法规的修改和立法建设；负责全市两级法院各类案件的司法统计分析工作；负责《厦门审判研讨》的编辑出版以及专业图书资料的管理工作；办理或协调办理涉港、澳、台的法律事务；参与社会治安综合治理工作；指导少年庭工作；指导基层人民法院研究室工作。
9、法官培训处
负责研究制定全市法院各类人员培训的规划、计划和相关规章制度；根据分级培训的原则，负责法官任职资格、续职资格的培训及其他培训；负责全市法院干警学历教育的组织工作；督促、指导基层法院法官培训工作。
10、司法鉴定技术处
负责法医学及文检司法技术鉴定；负责本院其他司法技术鉴定的组织、协调、管理工作；开展对外委托鉴定工作。

11、立案庭
对厦门市中级人民法院办理的各类案件进行立案；审查不服厦门市中级人民法院生效裁判的各类申诉和申请再审案件，审查不服基层人民法院复查驳回、再审改判的刑事、各类民事、行政申诉和申请再审案件；审查处理未经基层人民法院复查、再审的不服基层人民法院生效裁判的刑事、各类民事、行政申诉和申请再审以及执行、赔偿申诉和申请再审的案件；诉前保全和诉讼保全；处理非诉来信、来访；审理或协调管辖争议案件；处理司法救助申请事宜；对各业务庭审理的各类案件进行审限流程管理；负责司法专邮。

12、刑事审判第一庭
审判危害国家安全罪、危害公共安全罪、侵犯公民人身权利民主权利罪、妨害社会管理秩序罪、危害国防利益罪等第一、二审案件；审理相关的涉外内审案件和其他相关刑事请示案件；办理相关大要案的协调、指导事宜；指导、监督基层人民法院相关刑事审判工作。

13、刑事审判第二庭
审判破坏社会市场经济秩序罪、侵犯财产罪、贪污贿赂罪、渎职罪等第一、二审案件；审理相关的涉外内审案件和其他相关刑事请示案件；办理相关大要案的协调、指导事宜；指导、监督基层人民法院相关刑事审判工作。

14、民事审判第一庭
审判第一、二审有关婚姻家庭、劳动争议、不当得利、无因管理等传统民事案件；房地产案件；不动产相邻关系案件，邻地利用权案件以及其他不动产案件；农村承包合同案件；自然人之间的合同纠纷案件；自然人之间、自然人与法人、其他组织之间、法人之间、法人与其他组织之间的侵权纠纷案件；审理申请撤销相关仲裁的案件；审理适用特别程序的案件；办理相关的申请复议案件以及适用法律中的请示案件；审批各基层人民法院相关案件延长审限的申请；指导人民法庭工作；指导、监督基层人民法院相关民事审判工作。

15、民事审判第二庭
审判第一、二审国内自然人与法人、其他组织之间、法人之间、法人与其他组织之间的合同纠纷案件；审判第一、二审国内融资、租赁、证券、期货、票据、公司、外贸代理、保险、破产等案件；审判因商务活动而产生的担保合同纠纷案件及其他担保方式纠纷案件、金融案件；审判不涉及房地产开发的建筑工程承包案件；审理申请撤销国内仲裁的案件；办理相关的申请复议案件及适用法律中的请示案件；审批各基层人民法院相关案件延长审限的申请；指导、监督基层人民法院相关民事审判工作。

16、民事审判第三庭
审判第一审著作权(包括计算机软件)、商标权、专利权、技术合同、不正当竞争以及科技成果权、植物新品种权等知识产权案件；审判知识产权行政案件；知识产权案件诉前停止侵权行为和诉讼保全；审理申请撤销与知识产权相关的仲裁案件。

17、民事审判第四庭
审判第一审涉外、涉港、澳、台的自然人之间、自然人与法人、其他组织之间、法人之间、法人与其他组织之间的合同和侵权纠纷案件；审判第一审涉港、澳、台的证券、期货、票据、公司、破产等案件；审判第一审信用证案件；审查申请撤销、承认和强制执行国际仲裁裁决、外国法院判决的案件；审查有关涉外仲裁条款效力的案件。

18、民事审判第五庭
审判第一、二审房地产案件，包括房屋买卖、赠与、租赁、按揭，征地拆迁、回迁、房地产开发合同案件，土地使用权出让、转让合同案件，建筑工程承包合同等案件、不动产相邻案件、邻地利用权案件、土地征用补偿费纠纷、农村土地承包合同纠纷以及其他不动产案件（其中房屋继承、装修合同、物业管理纠纷除外）。审理申请撤销相关仲裁的案件；审理适用特别程序的案件；办理相关的申请复议案件以及适用法律中的请示案件；审批各基层人民法院相关案件延长审限的申请；指导人民法庭工作；指导、监督基层人民法院相关民事审判工作。

19、行政审判庭(挂“厦门市中级人民法院赔偿委员会办公室”牌子)
审判第一、二审行政案件和行政赔偿案件；办理属厦门市中级人民法院管辖的行政机关申请强制执行案件；审批基层人民法院行政案件延长审限的申请；办理本院赔偿委员会工作事务；依法办理应由本院赔偿委员会受理的国家赔偿案件；指导、监督基层法院的行政审判工作。

20、审判监督庭
审判市人民检察院按照审判监督程序对基层人民法院作出的刑事、各类民事、行政生效裁判提出抗诉的案件；审判市人民检察院按照审判监督程序对本院各类生效裁判提出抗诉的案件；审判各基层人民法院按审判监督程序改判提出上诉的案件；审查处理本院已经发生法律效力、经立案庭审查认为符合再审立案条件的各类案件；审理减刑、假释案件；审批各基层人民法院相关案件延长审限的申请；指导、监督基层人民法院的审判监督工作。

21、执行局(挂执行庭牌子)
在福建省高级人民法院的监督和指导下，对全市两级法院执行工作、执行案件、执行力量及执行装备等，实行统一管理和协调；负责执行本院一审生效的法律文书及法律规定应由中级人民法院执行的其他生效法律文书；负责执行上级法院指定执行的案件；统一管理全市法院的委托执行案件，办理跨省、市案件的委托、受托执行手续；受理其他中级人民法院统一委托的执行案件；协助外地中级人民法院到本市执行案件；办理当事人对基层人民法院执行过程中作出拘留、罚款决定不服，按照民诉法的规定向本院申请复议的案件；协调处理在本省跨中级人民法院、本市跨区人民法院辖区执行过程中发生的争议案件；审查、监督当事人或案外人提出的基层人民法院执行过程中存在违法执行或消极执行问题的案件，纠正下级法院违法、错误的执行裁定、执行行为；审批各基层人民法院执行案件延长审限的申请。
内设执行一处、执行二处、执行三处，均为副处级。

22、司法警察支队
负责落实司法警察工作的条例、规定、办法；组织落实司法警察管理的规章制度和细则；制定实施司法警察工作计划；组织司法警察的教育培训；警卫法庭、维护审判秩序；执行传唤、拘传、拘留；提解、押送、看管被告人或罪犯；参与对判决、裁定的财产查封、扣押、冻结或没收活动；负责法律文书传达；协调辖区内跨地区的重大警务活动；管理司法警察的装备；维持本院机关秩序；指导、监督基层人民法院司法警察的业务工作；完成院长交办的其他任务。
下设直属大队，为正科级机构。